大约中午的时候,摩根军队来到了一片平地上,平地上有好多的牛,于是他们停下来宰杀进食。酒足饭饱后,他们在能够看到巴拿马城瓦屋顶的地方安营扎寨。1月28日黎明,他们朝巴拿马城发动最后一次进攻,此时巴拿马总督胡安•皮尔•德古兹曼(Juan Pérez de Guzm n)率300名骑兵协助2000名西班牙步兵向他们逼近。摩根的海盗们虽然寡不敌众,但都表现得非常大无畏,他们举旗向敌军发动进攻。随后,摩根意识到落日后的作战对他们有利。
古兹曼派出骑兵猛攻未受训练的海盗。第一次猛攻打垮了一百多人,随后西班牙步兵进发,印第安人把海盗军队后面的牛群吓得到处乱窜。但是摩根的军队一直保持冷静,他们精准的射击削弱了敌军的两次进攻。当西班牙步兵进入他们的射击范围内,他们发动齐射,随后扔下滑膛枪逃走,仅有4人或5人死在战场上。
海盗军队在这次战斗中仅仅损失15人。
为了不让巴拿马城落入海盗手中,西班牙人在城中纵火,他们过于匆忙,炸毁碉堡的同时,连同碉堡内的战士一起炸死,然后逃亡而去。城中的百姓躲进了山林。摩根进入城内没有遭遇任何的阻碍,他们熄灭了大火,但发现城中已经被夷为平地,最富有的人家的房子以及满满的仓库都已经被清空。