另一方面，沙俄早在1643年便派波雅科夫率领一支由132人组成的远征队，侵入中国黑龙江地区，杀人、放火、绑架、抢劫，无所不为，遭到中国东北地区人民的激烈反抗，最后狼狈退出黑龙江。1650年（顺治七年），哈巴罗夫带着188名亡命之徒和3门大炮窜入黑龙江上游，攻占了达斡尔头人阿尔巴西的村屯雅克萨，修筑堡垒，取名“阿尔巴津”，作为其侵略据点。1651年6月16日，他们又窜进桂古达尔城砦，杀人放火，残杀当地居民661人，掳走妇女243人、儿童118人，全砦仅有15人死里逃生。3年之间，哈巴罗夫在黑龙江地区烧杀抢掠。当地人民与清军对沙俄的入侵展开了英勇的反击。1652年4月，宁古塔章京海色率部突袭俄军驻地，当地各族人民纷纷前来助战，打死俄军10名，打伤76名，打击了沙俄侵略者的嚣张气焰。1658年，宁古塔昂邦章京沙尔瑚达率1400人、战船47艘在松花江和牡丹江汇流处围歼俄军，击毙沙俄匪军首脑斯捷潘诺夫，打死、俘虏270名匪军。次年，清军乘胜收复雅克萨。1660年，沙尔瑚达之子巴海追击残余俄军，于黑龙江下游大败沙俄军残部，“斩首六十余级，淹死者甚众”，全歼沙俄匪股，肃清黑龙江中下游地区。