三十年战争前后分为四个阶段:第一阶段从1618年至1624年,称作捷克——巴拉丁阶段;第二阶段从1625年至1629年,称作丹麦阶段;第三阶段从1630年至1635年,称作瑞典阶段;第四阶段从1635年至1648年,称作法国——瑞典阶段。
布拉格起义后,捷克起义者成立了临时政府,再次宣布独立。不久,捷克议会又选举新教同盟首领巴拉丁选帝侯斐特烈为国王,与德皇斐迪南作战。捷克——巴拉丁联军出师得胜,一直打到维也纳城下。斐迪南在天主教同盟的支持下,进行还击,令旧教联军司令蒂利伯爵统24000大军入侵捷克“平乱”。1620年11月8日,在布拉格附近的白山战役中,两军决战,蒂里伯爵击溃捷克——巴拉丁联军2万人,占领了布拉格,捷克再次沦为奥地利哈布斯堡王朝的一个行省,直到1918年才恢复独立。腓特烈逃往荷兰,巴拉丁则被西班牙军队占领,其选帝侯资格被转归巴伐利亚公爵。这是三十年战争的第一阶段。旧教同盟暂占上风。
德皇斐迪南在军事上的胜利,不仅引起德意志新教诸侯的不安,而且加剧了欧洲形势的紧张。英、法、荷三国深感德国强大的威胁,决定支持新教同盟反击。丹麦、瑞典等北欧强国早已对德意志北部诸侯国的领土垂涎三尺,乘机出兵援助新教诸侯、打击其劲敌哈布斯堡王朝。俄国则希望借机削弱波兰,以便吞并乌克兰,也表示声援德意志新教诸侯。这样,德国内战便以宗教划线,扩大为一场国际战争。三十年战争进入第二阶段,由德意志新、旧教诸侯间的内战扩大为欧洲战争。