新法施行了整一年，秦国老百姓说新法不方便的人数不胜数。恰好在这个时候，太子触犯了新法。商鞅说：“新法不能顺利推行是因为上层有人触犯它。”于是决定依新法处罚太子。但太子是国君的继承人，是不能施以刑罚的，于是商鞅就处罚了太子的老师公子虔和公孙贾。秦很多人知道后就都遵照新法执行了。新法推行了十年以后，秦国逐渐富强了起来，路不拾遗，夜不闭户，百姓都非常高兴。甚至当初那些说新法不方便的百姓又有人来说法令方便的，商鞅认为这些人都是在扰乱教化，于是把他们全部迁到边疆去。此后，再没有人敢议论新法了。
几个月后，秦孝公去世，太子即位。公子虔等人告发商鞅要造反，并发出逮捕令。商鞅逃到边境想住旅店，但旅店的主人说：“商君有令，住店的人没有可以证明自己身份的东西，店主要连带判罪。”商鞅这个时候才叹息道：“没有想到制定新法的遗害竟然已经到了这种地步！”于是逃往魏国，魏国也怨恨商鞅曾经欺骗魏国公子，因而拒绝收留他，并把商鞅送回了秦国。商鞅回到秦国以后，就潜逃到他的封地商邑。他和部属发动邑中的士兵，试图攻击朝鲜政府，这个时候秦国出兵攻打商鞅，在郑国黾池大败商鞅。秦惠王把商鞅五马分尸示众，并且警告臣民说：“不要像商鞅那样谋反！”最后还诛灭了商鞅全家。