对于溶洞里各种形态的钟乳石，徐霞客都作了比较科学的命名，如他称洞底耸立的钟乳石为“石笋”、“乳笋”，悬垂在洞顶的为“玉乳”、“石乳”，上下相连如柱者为“石柱”、“乳柱”、“琼柱”，而“石幢”、“石床”、“石蕊”、“石龙”等则是他对一些特殊形态的钟乳石给予的形象称呼，这些命名和称呼在今日介绍钟乳石时仍常被使用。徐霞客并未略过探讨钟乳石的成因，他指出：“盖石膏日久凝胎而成”[70]，“皆玉乳之所融结”[71]，“皆石髓所凝”[72]。虽然当时他还无法知道这些从水中结晶析出的物质是碳酸钙而称之石膏、玉乳等，但其意已清楚表示水中夹带有形成钟乳的物质，这种见解是符合科学的。
徐霞客对石灰岩岩溶地貌的系统考察和科学记述从时间上看比欧洲最早研究喀斯特地貌（即石灰岩地貌）的学者爱士倍尔（Esper）早一百多年，比欧洲最早对喀斯特地貌进行系统分类的瑙曼（C.Fr.Naumann）早二百多年。由此可见，《徐霞客游记》是无可争议的世界上最早的石灰岩岩溶地貌学文献，它的科学价值至今仍有待进一步认识。
