6月初，台湾“保密局”又在台湾南部逮捕了原战车营副营长赵志华等孙立人的旧部，罪名是他们计划在6月6日南部大阅兵时搞兵谏。此时，表面上看还未涉及孙立人。6月6日，孙立人还陪同蒋介石南下校阅南部军队，26日出席俞大维等在台北宾馆举行的欢送驻台美军“顾问团”团长蔡斯的酒会，28日到台北机场送蔡斯离台返美。然而，孙立人早已感到极大的压力。
8月3日，孙立人向蒋介石递交报告，为郭廷亮引咎辞职，自请处分。20日孙立人被免去所有职务。与此同时，以陈诚为主任委员的九人调查委员会正式成立，就“匪谍”郭廷亮案有关详情，“彻查具报”。该委员会成员中，有“副总统”一名、前任“院长”三名、“资政”二名、现任“副院长”二名、现任“部长”一名，其重要性由此可知。
调查委员会先后查询了郭廷亮等涉案多人。9月19日，又在阳明山第一宾馆集会，传询孙立人。21日，“监察院国防委员会”成立“孙立人案调查小组”，由曹启文等五人组成，曹启文任召集人。
10月8日，“孙立人案调查委员会”在举行第九次会议后，完成长达1.6万余言的调查报告书，认为孙立人应负有以下责任：一、第四军官训练班部分结业学生发动联络组织，实有在军中违法密结私党或秘密结社集会之嫌；二、孙立人将军对郭廷亮信任甚深，不仅没觉察其为匪谍，而且因为孙将军企图利用郭在军中建立个人力量，乃至堕入郭廷亮匪谍活动之阴谋不自觉；三、对旧部管束无方，训导不当，知情不报；四、对“匪谍”有徇情包庇之嫌。