然而,《新学伪经考》不是单纯学术著作,它出书以后屡遭毁板,也不是因为它对经书的考辨,而是因为它侵犯了封建统治秩序,破坏了旧传统。1894年,就有提出毁禁的折片,说“六经如日月经天”,汉儒、宋儒既有功于经,清政府又“重道尊经”,垂为功令,康有为“力翻成案”,是“圣贤之蟊贼,古今之巨蠹”,是为了他“非圣无法,惑世诬民”,而请毁禁[4]。此后,王先谦、叶德辉指斥《新学伪经考》为野说、邪说、诐词,也是为了保卫“圣教”,为了防止“煽惑”人心,违忤“圣教”。他们是为了维护封建秩序,而对《新学伪经考》的“狂悖骇俗”,深恶痛绝,于是不择手段,肆予破坏。
《考辨》还是囿于学术范围对《新学伪经考》提出责难,对它“逆乎常纬”的政治意义及其当时予传统冲击的意义,却未能触及。
《新学伪经考》出书以后,加以阐扬诠释之书有谭济骞《伪经考答问》,梁启超在《时务报》上、在湖南时务学堂的讲学和答问中,也屡次称引康说。对《新学伪经考》提出异议的有洪良品、朱一新等。至于封建顽固派则集矢攻击,可见它在国内影响之大。如今看到《考辨》,说明它在日本也有影响,康有为读其稿后,还在题诗中以之与洪、朱相比,说是“日本乃亦有人为之,洵佳语也”,那它也可说是中日文化交往的一段掌故吧!