然而，《新学伪经考》不是单纯学术著作，它出书以后屡遭毁板，也不是因为它对经书的考辨，而是因为它侵犯了封建统治秩序，破坏了旧传统。1894年，就有提出毁禁的折片，说“六经如日月经天”，汉儒、宋儒既有功于经，清政府又“重道尊经”，垂为功令，康有为“力翻成案”，是“圣贤之蟊贼，古今之巨蠹”，是为了他“非圣无法，惑世诬民”，而请毁禁[4]。此后，王先谦、叶德辉指斥《新学伪经考》为野说、邪说、诐词，也是为了保卫“圣教”，为了防止“煽惑”人心，违忤“圣教”。他们是为了维护封建秩序，而对《新学伪经考》的“狂悖骇俗”，深恶痛绝，于是不择手段，肆予破坏。
《考辨》还是囿于学术范围对《新学伪经考》提出责难，对它“逆乎常纬”的政治意义及其当时予传统冲击的意义，却未能触及。
《新学伪经考》出书以后，加以阐扬诠释之书有谭济骞《伪经考答问》，梁启超在《时务报》上、在湖南时务学堂的讲学和答问中，也屡次称引康说。对《新学伪经考》提出异议的有洪良品、朱一新等。至于封建顽固派则集矢攻击，可见它在国内影响之大。如今看到《考辨》，说明它在日本也有影响，康有为读其稿后，还在题诗中以之与洪、朱相比，说是“日本乃亦有人为之，洵佳语也”，那它也可说是中日文化交往的一段掌故吧！