清军浩荡的气势，使盘踞在西四城（叶尔羌、英吉沙尔、和阗、喀什噶尔）的敌军惊恐万分，他们纷纷主动请降，并主动提出率军攻打阿古柏。1878年1月2日，清军收复和阗，至此，新疆全境除伊犁地区外全部收复。清军在收复新疆的战争中取得了伟大的胜利，直到1881年，中俄双方谈判，中国收回伊犁。
左宗棠在收复新疆之后，对新疆的建设也起到了重大的作用。起初阿古柏占领新疆的时候，对当地的百姓横征暴敛，从而引起百姓的不满。当左宗棠收复新疆以后，开善堂，办私塾，为恢复新疆的经济作出了巨大的贡献，并且带去了新的思想，从而促进了新疆的发展。
左宗棠带领的清军光复了新疆并直接粉碎了英国和俄国企图控制阿古柏而占领新疆的阴谋，不仅维护了中国的领土主权，还为近代中国历史作出了重要贡献，其具有重大而深远的意义。
在这场战争中，清军之所以能够击退阿古柏，有两个很重要的原因：第一，以左宗棠为首的清军的作战方针和策略是非常正确的。加上左宗棠的英明指挥，清军作战灵敏，并且左宗棠把战事的军备物资放在首要位置考虑，这就为战争的胜利作好了充分的准备，这也是最为重要的一点；第二，阿古柏在占领新疆之后，其种种行为引起百姓的不满和抗议，当清军实力大增的时候，阿古柏因不得民心而不能快速地集合军队，后期又出现战略上的问题和指挥不当，从而导致战争失败。
