帝国的联邦主义性质还表现在各邦保留了大量体现国家主权性质的权利。宪法虽然规定了在国际交往中皇帝是国家主权的唯一体现者，但帝国各邦在对外关系方面却仍然保留了派遣和接受外交使节的权利。巴伐利亚直到1918年时还在奥匈帝国、法国和梵蒂冈（Vatikan）派驻着自己的外交代表机构。帝国的军事力量也由各大、中邦国分担一定份额的军队组成。除了普鲁士的国防部以外，巴伐利亚和符滕堡也有它们自己的陆军部。尽管皇帝是帝国军队的最高统帅，巴伐利亚的军队却只有在战时才听从皇帝的命令。在邮政方面，除了帝国邮局外，巴伐利亚和符滕堡也有各自的邮政管理机构。各邦还保留着教育、宗教、部分司法、征收直接税等自治权利。在原北德意志联邦宪法的79条中，巴伐利亚总共违反了26条。例如，在有关结婚和定居的法规中，巴伐利亚竟然规定，国民在普鲁士或萨克森结婚，如果没有得到国王批准，其婚生子女在巴伐利亚境内被视为私生子女，这俨然将普鲁士和萨克森视作外国。